基于第三代英特尔® 至强® 可扩展处理器的平台的 LAMMPS 调优指南

时间:2022-06-06   来源:   网友评论:0   人气: 27 作者:

本指南适用于已经熟悉 LAMMPS 的用户。它提供了配置硬件和软件的建议,以在大多数情况下提供最佳性能。但是,请注意,由于 LAMMPS 可以以多种方式部署,因此我们依赖用户根据他们的特定场景仔细考虑这些设置。

LAMMPS 是经典分子动力学模拟的开源代码,重点是材料建模。该首字母缩写词代表大规模原子/分子大规模并行模拟器。LAMMPS 用于模拟原子和分子的物理运动。[1] 创建这些模拟需要进行许多计算,因此 LAMMPS 旨在在并行计算机上高效运行,以加快计算速度,同时保持准确的结果。阅读官方 LAMMPS 文档了解更多详细信息。用于 LAMMPS 的英特尔软件包提供了使用英特尔® 处理器加速模拟的方法。本指南专门针对调整第三代英特尔® 至强® 可扩展处理器的建议。

第三代英特尔至强可扩展处理器提供行业领先的工作负载优化平台,内置 AI 加速,提供无缝的性能基础,帮助加速数据的变革性影响,从多云到智能边缘再返回。使用 LAMMPS 时特别感兴趣的改进包括:

  • 增强性能
  • 更多英特尔® Ultra Path 互连
  • 英特尔® 高级矢量扩展

本调优指南经过测试的硬件和软件环境:

服务器配置

硬件

本文中描述的配置基于第三代 Intel Xeon 处理器硬件。服务器平台、内存、硬盘、网卡可以根据您的使用需求来确定。

硬件 模型
服务器平台名称/品牌/型号 英特尔® 服务器 M50CYP 家族
中央处理器 Intel® Xeon® Platinum 8360Y 处理器,2.20GHz
BIOS SE5C6200.86B.0021.D40.2101090208
记忆 256GB 16*16GB 3200MT/s DDR4, 海力士 HMA82GR7CJR8N-XN
存储/磁盘 SSDSC2KG96 960GB

软件

软件 版本
操作系统 CentOS* for Linux* 版本 8.3.2011
核心 4.18.0-240.22.1.el8 3.crt1.x86 64
灯座 2020 年 10 月 29 日

调整硬件

BIOS 设置

将 BIOS 重置为默认设置,然后遵循以下建议:

环境 推荐
高级/电源和性能/CPU P 状态控制/CPU P 状态控制/英特尔® 睿频加速技术 启用
高级/处理器配置/英特尔® 超线程技术 启用
SNC(子 Numa 集群) 启用

BIOS 设置说明

启用这些设置以优化 LAMMPS 的性能:

  • 英特尔® 睿频加速技术允许处理器在低于当前功率或温度规格运行时自动提高其频率。
  • 英特尔® 超线程技术允许多线程软件应用程序在每个处理器内核中并行执行两个线程。这导致能够在两倍于物理内核的逻辑内核上运行线程。
  • SNC(Sub-Numa Cluster)通过在使用第三代英特尔® 至强® 可扩展处理器时改进远程套接字访问,改进了英特尔® 至强® E5-2600 处理器 v3 和 v4 中可用的 Cluster-on-Die (COD) 选项。在操作系统级别,启用 SNC 的双套接字服务器将显示四个 NUMA 域。其中两个域将位于同一个套接字上,另外两个域将通过 UPI 到达远程套接字。应启用 SNC 以获得更好的性能。

内存配置/设置

通常,用户扩展到多个节点,因此每个节点的内存占用可能会更小。


 

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