简单组建linux集群及并行编译vasp过程

时间:2009-11-02   来源:   网友评论:0   人气: 1312 作者:

我们现在主要是用做高性能计算,下面就是我的集群的组建过程。  

集群的硬件环境:

做一个集群,节点机器的硬件最好相同,这样计算的效率就会高很多,同时组建集群也相对容易。

以下是我的机器的配置情况:

我们的节点机没有配置显示器,全部工作由服务器完成。连接就是通过交换机连接,和一般局域网连接相同。  

服务器:P4 3.2,2 G ,160G ,双千兆网卡    |
节点(10台): P4 3.2,2 G,80G, 千兆网卡  kaxA
华为24口千兆交换机

集群软件环境:

建一个简单的集群,其实并不难,主要配置nis,nfs,rsh,mpi就好了。

推荐大家看一本书《微机集群组建、优化和管理》车静光著,机械工业出版社。我的集群,采用suse9.3,操作系统其实也很重要,这次试了很多操作系统,redhat9,rhas4无法识别网卡,rocks无法安装,如果硬件没有什么问题,建议大家可以试下rocks cluster这个集群系统,rocks集操作系统和集群于一体,安装完成并行环境就已经建立,而且还配备了pbs管理软件,非常简单,容易上手,只是我的硬件不太兼容,本来是想装rocks的,无奈,只有自己动手了。  &

Suse配置nis,nfs非常简单,因为suse强大的yast,就像window一样方便,只要鼠标轻点几下就ok。  '
1.Linux系统的安装,suse安装也非常简单,在此不想详细讲太多,主要是在分区的时候要注意,最要自己手动分区,对于服务器来说,最好能分一个独立的分区/home,因为节点机器要通过nfs共享服务器的/home。注意的是一下几个软件包一定要安装nfs(nfs-utils),nis(ypbind),rsh(rsh-server)。  tH:A

2.基本的网络配置(通过yast的网卡配置)  j5+
服务器的:192.168.1.253     hostname:node0  域名:node0.cluster  #50
节点机器:192.168.1-192.168.1.10    hostname:node1-node10 域名:node*.cluser  %
掩码:255.255.255.0 

3.服务器的配置  o"k}j
3.1.Nfs设置  I6
NFS(NetWork File System)是一种使用比较多的网络文件系统,它以它的安装容易,使用方便得到很多Linux爱好者的使用。在使用NFS时,我们把需要共享的分区或者文件按照一定的规范共享出去,想使用这个资源的机器使用mount 命令把共享的资源加载到自己的系统上,然后就可以像使用自己的本地文件系统一样方便。  N3>!j\
进入图形yast-network-nfs server,之后开始配置, 点击add directory:之后设置两个共享目录, /home,/usr/local/,然后加入共享这两个目录的主机通配符192.168.1.0/255.255.255.0 rw,root_squash, sync。其实配置nfs就是修改/etc/exports 文件,你也可以直接修改成  {E-1X6
/home/ 192.168.1.1/255.255.255.0(rw,root_squash,sync)  2[O16
/usr/local 192.168.1.1/255.255.255.0(rw,root_squash,sync)  r
Ok,NFS就这样配置好了。   sk

3.2 NIS的配置  XT~~\
    NIS(Network Information Service)是实现网络上各Linux机器之间的重要数据分享。这些数据包括用户帐号,密码,组文件,主机文件,等等。在集群中我们要做到单一的镜象就需要NIS的一些服务。比如我们不需要在每个节点上建立各自的用户,而是在master上建立一个用户以后,就同时在其它的节点上能够访问到这个用户。 

下面是我的配置过程:  5T}lF
Yast-network-nis server-create nis master server之后填入nis domain name,就是域名,我们填node0.Cluster,之后一些信息一般选默认就可以了,之后要配置hosts:  *P<I
netmask:255.255.255.255 network:127.0.0.1  TNK
netmask:255.255.0.0 network:192.168.0.0  bW_W`A
ok,之后完成,进入/var/yp目录,执行make就最后完成nis的配置。注意的是如果你新建用户了,要注意执行make命令更新nis信息。 


 

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