分子动力模拟可视化与分析软件VMD工作站硬件推荐 2019-11-30
(一)VMD分子动力可视化软件介绍 VMD 是一个开源的分子可视化程序,专为建模,可视化和分析生物系统(例如蛋白质,核酸,脂质双层组件等)而设计,最新版本 VMD1.9.4 VMD主要应用 分子动力模拟MD(例如NAMD,GROMACS,AMBER等...
AMBER生物分子动力模拟工作站配置推荐 2019-11-14
Amber是专门针对生物分子系统模拟而开发的分子动力学应用程序,AMBER 支持 GPU 加速,可运行显式溶剂 PME 和隐式溶剂 GB 模拟。AMBER 在NVIDIA GPU 上的运行速度比仅使用 CPU 的系统快 15 倍,从而使用户运行生物分子模拟的时间从几天缩短到几小时. (一...
Schrodinger分子动力模拟与建模工作站配置推荐 2019-11-02
Schrodinger是计算化学领域为生命科学和材料研究提供解决方案领先者,是世界一流的分子建模、药物设计和材料科学软件集合,由AutoQSAR,Demond,FEP+、Maesrto 、MS Combi、MS Jaguar、Bioluminate、KNIME Extensions、Canvas、Glide...
冷冻电镜(cryo-EM)三维图像重构软件Relion工作站配置推荐 2019-11-02
单颗粒冷冻电镜是结构生物学研究的重要手段之一,冷冻电镜的模型重构通常需要对几万甚至几十万张投影图片进行分析、组装和优化,计算量巨大,这需要先进的计算架构配合有效的算法才能实现。 Relion是专门为低温电子显微镜(cryo-EM)设计的图像处理软件...
量子化学Gaussian计算硬件配置方案 2017-06-12
(一)量子化学计算如何选择硬件配置 由于分子的类型、体系和模拟算法,以及各种应用和精度要求,都有不同的计算特点,对计算机硬件(CPU、内存、硬盘、GPU)配置要求有很大的差异...
64位Windows7平台下MPICH2并行计算环境的搭建及Fortran90并行程序.. 2012-10-18
好多年前在WindowsXP的32位系统下搭建过MPICH的并行计算环境,并把几台台式机连在一块儿实现了Fortran90程序的编译和运行。现在都用上Win7的64位系统了,编译软件也从原来的Compaq Visual Fortran换成了Intel Visual Fortran,MPICH2的版本也从原来的1.0...
英特尔平衡HPC多样化需求 2011-12-25
至强满足多样化需求 作为我国最早开展HPC研究的单位之一,清华大学早在2005年就开始自建HPC平台,如今,该校HPC平台二期工程也于今年4月正式投入使用...
Rocks集群管理软件安装过程 2011-12-07
rocks是一个十分方便的集群管理软件,不但安装和管理比较容易,还自带了许多管理和应用的软件。本文主要描述了rocks 5.2的安装过程。 安装头结点(FrontEnd) 准备工作: 需要安装盘: Kernel/Boot Roll CD http://www.rocksclusters.org/ftp-site/pub/rocks...
基于MATLAB的局域网集群的构建 2011-12-07
目前的常用科学计算大多基于Matlab 环境,因此,开发基于Matlab 的并行计算平台也有很大的必要性。在本文的设计中,并行优化平台的运行是在Matlab 环境中进行的,由于Matlab 是一种跨平台软件,因此整个并行计算环境也间接地实现了跨平台,满足了在Windows...
Rocks clusters安装经验总结 2010-10-21
经过几天的苦苦摸索,终于搞定了Rocks clusters的安装和初步配置。现将安装过程中遇到的问题及解决经验做一总结,以便给自己以后重新安装时做一参考,或者能帮助也想安装Rocks cluster的网友顺利一些,能节省一些花在摸索问题解决办法上的解决时间。...
英特尔研究院开发基于Atom的计算集群 2010-10-13
据之前报道称,Intel并不打算向服务器领域推广他们的节能型Atom处理器。   Intel数据中心群组副总裁和总经理Kirk...
英特尔:至强+MIC,我们为HPC做好两手准备! 2010-08-15
在一年一度的中国教育科研网格ChinaGrid 大会以(今年是ChinaGrid 2010)召开的前夕,作为大会主要赞助商的英特公司,也专门召开记者会介绍了英特尔在高性能计算(HPC)领域所取得的成绩,以及未来的发展方向...
Materials Studio 5.0 LINUX 版小集群并行安装手记 2010-04-11
MS 5.0 LINUX 版小集群并行安装手记 这几天重新配置了一下计算环境,顺便记录下来供同行参考,这次以安装MS5.0为例,实际上4.0,4.2,4.4的版本这几天我都配置过了,方法基本相同。 1.操作系统环境说明 客户端要求是Windows XP Professional - SP3或Vista ...
高性能/并行/网格计算知识介绍 2010-04-10
简单的说,高性能计算(High Performance Computing)是计算机科学的一个分支,主要是指从体系结构、并行算法和软件开发等方面研究开发高性能计算机的技术。随着计算机技术的飞速发展,高性能计算机的计算速度不断提高,其标准也处在不断变化之中。...
Nehalem性能魅力感染中科院超算分中心 2009-11-02
经中央国家机关政府采购中心组织招标,中国科学院合肥物质科学研究院计算中心日前完成了12万亿次/秒超级计算机的投建。前不久,记者采访了该项目负责人中国科学院固态物理研究所副所长曾雉女士。...
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