Material Studio材料计算的工作站配置方案

时间:2011-04-23   来源:   网友评论:0   人气: 10602 作者:

本文中的硬件配置已升级到支持inte Xeon E3、E5处理器架构,较原配置性能提升100%以上,更新日期:2013年1月27日

   Materials Studio是一套材料科学的仿真软件,MS是在化学和材料领域,为结构和计算器研究者所设计的专业仿真软件,提供用户流畅的操作接口,并包含完整的运算方法,让使用者容易上手并提供功能强大的仿真能力。

    研究者通过MS提供的先进丰富多种算法进行综合分析计算,在性质预测、聚合物建模还是X射线衍射模拟,通过一些简单易学的操作来得到切实可靠的数据。协助科学家解决重要问题,研发世界上最先进的材料。
materials-studio-visualizer.jpg 

分子模拟(材料计算)求解过程计算特点分析

    主要集中在对CPU和内存方面,MS软件支持主流CPU的多核并行计算,在一个架构里,频率越高,核数,计算速度越快,内存方面主要体现在计算的规模上,随着对自然世界的深入了解和分析,分析精度越来越高,计算量也越来越大,对内存的要求也在不断递增,由于求解运算过程中大量时间都在计算中,对显卡的要求自然不高,图卡主要是后期对数据的可视化有些需求,另外MS软件运算特点是将数据一次性放到内存进行密集计算,自然对硬盘外设的读写不是很频繁,传统上SATA接口也足够了,如果内存不够,虚拟内存很大的话,推荐SAS硬盘,当然将来SSD便宜下来,内存和虚拟内存的比例1:2,可以考虑采用SSD硬盘
isocharge250.jpg 
 
硬件配置关系注意事情:
1.经过厂家推荐,目前12核不建议使用,8核Xeon架构效率更高
2.CPU—内存关系,  1核---对应配置---2G~4G, 8核处理器对应内存16GB~32GB.
3.显卡要求不高,针对不同的计算规模,配置相应档次图卡,满足后期数据可视化需求。
4.硬盘IO在计算过程中,影响不大,资金充足的话,视多种计算软件, SAS 6Gbps是目前相当不错的选择
   
XASUN图形工作站配置方案
 
XASUN当今世界唯一能提供塔式、机架、便携式、特种结构等规格,提供单路、双路、四路、八路最先进架构的高端图形工作站,XASUN紧随世界领先的intel和AMD的计算处理硬件主流技术,NvidiaATI高性能图卡以及一流的硬盘阵列技术,打造出具有超级性能的XASUN图形工作站和服务器,同时充分了解不同行业应用软件的计算特点,灵活方便的配置架构,使应用软件在任何一台支持基于Windows、Linux等主流操作系统的服务器或工作站上最高效率的进行运算,从而最大限度的发挥工作站硬件性能和网络资源。

material-studio-ws.png 
MS软件配备丰富的应用功能模块,硬件如何配合好所有软件模块,非一般经验的硬件工程师所能了解的,今天我们对计算规模按原子数量初步划分,大致分三个档次:
 
1.小规模计算工作站配置方案
定位:原子数不超过100个求解规模
推荐:4核Xeon E3 1270v2(3.5Ghz)/16GB/Quadro600/12GB SSD+1TB SATA
 
机器型号 XASUN T320 13516-S11T1AA
主要配置
4核XeonE3 1270v2/16GB/Q600/120GB SSD+1TB SATA企业级
硬件配置明细
 
配件
品牌和型号
数量
CPU
4核Xeon E3 1270v2
1
3.5G/hz8MB/超线程/睿频,共计4核
芯片组
intel C216+PCH Chips
1
内存
8G DDR3 1600 Reg ECC
2
显卡
Nvidia Quadro 600 1GB
1
系统盘
120GB SSD
1
数据盘
1TB SATA企业级
1
网卡
千兆以太端口
2
工作站平台
XASUN SSIEC105P7S (700W EPS)
1
显示器
可选
1
噪音控制系统
静音级(全速计算45分贝以内)
 
硬件性能指标
CPU
运算速度每秒1120亿次
GPU
几何三角形处理:2.1亿/秒,支持1*2
 
单屏幕,最高分辨率 2560*1600
 
几何三角形3亿/秒,像素填充率380亿/秒
 
支持32X全景反锯齿(FSAA)
 
支持30位色彩精度
 
 
1GB GDDR3显存
 
硬盘
IO读写带宽100MB/S,IOPS 200次/秒
网络端口
通过汇聚功能,实现2Gbps
硬件升级能力
 
 
CPU
支持1颗XeonE3 1200v2全系列
显卡
支持Nvidai Quadro和ATI Firepro 系列
内存槽
4个,单根内存最大8GB,最大容量32GB
硬盘位
4个,单块最大SATA:2TB
PCI扩展
2*PCIE3.0  x8,2*PCIE3 x4,1*PCI
操作系统
 
 
支持Windows Server 2003、2008
支持Windows XP、Vista、7
支持Redhat、Suse Linux全系列
应用软件
 
 
基于windows、linux环境下软件全系列
报价
¥19,800

 

 
 
2.中大规模计算高端图形工作站配置方案
应用定位:原子数100~1000个之间求解规模
推荐:8核Xeon E5 2643(3.3G)/48GB/quadro2000/240GBSSD+2TB SATA企业级
如果从软件和硬件的价格对比,买一台配置最高的图形工作站,是最好的发挥软件性能的不二选择。
 
机器型号 XASUN T560 23348-S12T1BB
参考配置:
硬件配置明细
 
配件
品牌和型号
数量
CPU
4核Xeon E5 2643
2
3.3Ghz/10MB/6.4GTs/睿频,共计8核
芯片组
intel C600+PCH Chips
1
内存
8G DDR3 1333 Reg ECC
6
显卡
Nvidia Quadro 2000 1GB
1
系统盘
240GB SSD+2TB SATA企业级
1
光驱
DVD刻录机
1
网卡
千兆以太端口
2
工作站平台
XASUN S600C105PAS (1000W EPS)
1
显示器
可选
噪音控制系统
静音级(全速计算45分贝以内)
 
硬件性能指标
CPU
运算速度每秒2112亿次
GPU
几何三角形处理:4.1亿/秒,
 
最高分辨率 2560*1600
 
192个流处理器, 1GB缓存,64X反锯齿
硬盘
IO读写带宽100MB/S,IOPS 200次/秒
网络端口
通过汇聚功能,实现2Gbps
硬件升级能力
 
 
CPU
支持2颗Xeon E5 2600全系列
显卡
支持Quadro 全系列,支持双Quadro Plex
内存槽
16个,单根内存最大32GB,最大容量512GB
硬盘位
4个,单块最大SAS:1TB、SATA:2TB
PCI扩展
2*PCIE 3.0 x16,2*PCIE 3.0 x8
操作系统
 
 
支持Windows Server 2003、2008
支持Windows XP、Vista、7
支持Redhat、Suse Linux全系列
应用软件
 
 
基于windows、linux环境下软件全系列
报价
46,500

 

 

3.超大规模计算分布式集群服务器解决方案

定位: 原子数1000个以上求解规模

下面的方案主要是基于办公环境的计算应用,Xeon架构的计算机单机性能越来越强大,最新Xeon5600和单核时代的Xeon相比,快15倍以上,所以基于办公环境的小集群(40核以内),放在办公环境,计算性能满足大部分应用,同时也便于维护和使用。
usystemssoundproof-small.jpg 

22U高度(4U*5+1U+1U)

 

分布式服务器集群方案

管理节点配置:6Xeon E5 26202.0Ghz/24GB/600G SAS+ 4*18BSATA

计算节点配置:8Xeon E5 2643(3.3Ghz/48GB/300G SAS

计算节点数量:4

 

硬件参考配置方案

 

1.图形管理服务器(管理节点)
2.jpg 

机器型号:XASUN M560 22032-S16T8ARC

主要配置
6核Xeon E5 2620/32GB/Q4000/600G SAS+8TB阵列
硬件配置明细
 
配件
品牌和型号
数量
CPU
6核Xeon E5 2620 
1
2.0G/152MB/7.2GTs/超线程/Turbo
芯片组
intel C600+PCH Chips
1
内存
8G DDR3 1600 Reg ECC
4
显卡
Nvidia Quadro 4000 2GB
1
系统盘
600G SAS 6Gbps
1
超级阵列
1TB SATA企业级
8
 
8port SAS2-RAID
1
光驱
DVD刻录机
1
网卡
千兆以太端口(可选万兆或IB卡)
2
工作站平台
XASUN S600R416PAS (1000W EPS)
1 

 

 

2 计算节点

机器型号 XASUN R560 23348-S13i

主要配置
8核Xeon E5 2643/48GB/300G SAS
硬件配置明细
 
配件
品牌和型号
数量
CPU
4核Xeon E5 2643
2
3.06G/12MB/6.4GTs/超线程/Turbo
芯片组
intel C600+PCH Chips
 
内存
8G DDR3 1600 Reg ECC
6
显卡
集成
1
系统盘
300G SAS 
1
光驱
DVD
1
网卡
千兆以太端口
2
服务器平台
XASUN S600U416PAS (1000W EPS)
1

 

 
3.服务器集群设备汇总表
 
NO
品牌和型号
数量
硬件配置明细
图形服务器集群 
1.1
管理图形存储服务器
1
1.2
计算服务器(计算节点)
4
1.3
8口千兆交换机
1
1.4
8口 KVM切换器
1
1.5
22U机柜
1
可选设备
1.6
IB交换机
1
1.7
IB卡或万兆以太网卡
1
1.8
稳压电源(20KV)
1
1.9
 
集群硬件性能指标
CPU指标
浮点运算速度每秒8448亿次(核数32个)
海量存储
IO读写带宽700MB/S,IOPS 400次/秒
网络端口
通过汇聚功能,实现2Gbps
噪音控制系统
静音级(全速计算45分贝以内)
合计
¥205,000

 

 
 

方案咨询:

北京太阳HPC应用中心

北京中关村E世界财富中心C座880室

电话:400-705-6800 点击这里给我发消息

 

文章评论