2.2 AlphaFold训练集群配置参考23v1
集群技术特点
（1）本集群是由高频服务器、GPU计算服务器、管理服务器、并行存储服务器组成。
（2）集群硬件配置每个环节都基于人工智能预测蛋白质三维结构算法最快优化设计。
（3）【高频服务器】采用有限多核高频CPU、高速NVME SSD用于密集海量序列比计算，计算性能和io读写性能完美匹配高效，支持多个单核计算或2个以上并行版的比对软件同步计算。
（4）【GPU计算服务器】配备最新Xeon3代处理器，32核+8块RTX A6000 48GB，cpu频率和pcie 4.0 x16是蛋白质折叠人工智能并行计算最理想架构。
（5）作业调度软件针对蛋白质预测元计算两个主要环节：序列比对计算（CPU有限多核计算环节）、人工智能预测（GPU多卡并行计算环节），
序列比对计算环节--调用【高频服务器】处理，
蛋白质结构预测计算环节--调用多台【GPU服务器】并行计算。
（6） 集群性能从硬件架构、作业调度系统均比常规集群性能达到极致，全新改写的作业调度系统，比市面上的作业调度系统效率更高。
方案1 蛋白质智能预测集群方案（40块GPU卡）
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NO |
型号 |
技术规格 |
数量 |
单价 |
小计 |
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1 |
高频计算服务器 |
intel 13代高频处理器（共计24核，8核@5.7GHz，16核@4.2GHz) /128GB DDR4/480GB/4U机架式(650w)/25GbE网口 |
1 |
29800 |
29800 |
|
2 |
GPU超算服务器 |
2颗Xeon 银4314（32核@3.5GHz）/512GB/8块A6000 /960GB/4U机架式(2000w 2+2冗余/25GbE网口 |
5 |
405000 |
2290000 |
|
3 |
并行存储服务器 |
2颗Xeon 银4310(24核@2.1GHz)/128GB /960GB /15.36TB U2 NVME /224TB并行存储(双通道)/4U机架式(1200w 1+1冗余/100GbE网口 |
1 |
115000 |
115000 |
|
4 |
管理服务器 |
2颗Xeon 银4210 /128GB /RTX A2000/ 1.92TB/2U机架式/千兆 |
1 |
34500 |
34500 |
|
5 |
计算交换机 |
MSN2010 4*100G/18*25G，2U机架式 |
1 |
45000 |
45000 |
|
6 |
管理交换机 |
24口千兆，1U机架式 |
1 |
2800 |
2800 |
|
7 |
KVM切换器 |
16口 VGA，1U机架式 |
1 |
1800 |
1800 |
|
8 |
机柜 |
42U |
1 |
5500 |
5500 |
|
9 |
集群系统 |
UltraLAB PSS作业调度管理软件(5节点） |
1 |
50000 |
50000 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
合计 |
|
￥2,309,400元 |
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方案2 蛋白质智能预测集群方案（80块GPU卡）
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NO |
型号 |
技术规格 |
数量 |
单价 |
小计 |
|
1 |
高频计算服务器 |
2颗Xeon 金6342处理器（48核@3.1GHz，睿频3.5GHz) /512GB DDR4/480GB/4U机架式(650w)/ 25GbE网口 |
1 |
76000 |
76000 |
|
2 |
GPU超算服务器 |
2颗Xeon 银4314（32核@3.5GHz）/512GB/8块A6000 /960GB/4U机架式(2000w 2+2冗余/25GbE网口 |
10 |
405000 |
405000 |
|
3 |
并行存储服务器 |
2颗Xeon 银4310(24核@2.1GHz)/128GB /960GB /15.36TB U2 NVME /224TB并行存储(双通道)/4U机架式(1200w 1+1冗余/100GbE网口 |
1 |
115000 |
115000 |
|
4 |
管理服务器 |
2颗Xeon 银4210 /128GB /RTX A2000/ 1.92TB/2U机架式/千兆 |
1 |
34500 |
34500 |
|
5 |
计算交换机 |
MSN2010 4*100G/18*25G，2U机架式 |
1 |
45000 |
45000 |
|
6 |
管理交换机 |
24口千兆，1U机架式 |
1 |
2800 |
2800 |
|
7 |
KVM切换器 |
16口 VGA，1U机架式 |
1 |
1800 |
1800 |
|
8 |
机柜 |
42U |
2 |
5500 |
11000 |
|
9 |
集群系统 |
UltraLAB PSS作业调度管理软件(10节点） |
1 |
100000 |
100000 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
合计 |
|
￥4,436,100元 |
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方案3 蛋白质智能预测集群方案（128块GPU卡）
|
型号 |
技术规格 |
数量 |
单价 |
小计 |
|
|
1 |
高频计算服务器 |
2颗Xeon 金6342处理器（48核@3.1GHz，睿频3.5GHz) /512GB DDR4/960GB/4U机架式(650w) /25GbE网口 |
1 |
76000 |
76000 |
|
2 |
GPU超算服务器 |
2颗Xeon 银4314（32核@3.5GHz）/512GB/8块A6000 /960GB/4U机架式(2000w 2+2冗余/25GbE网口 |
16 |
405000 |
6480000 |
|
3 |
并行存储服务器 |
2颗Xeon 银4310(24核@2.1GHz)/128GB /960GB /3.84TB U2 NVME /224TB并行存储(双通道)/4U机架式(1200w 1+1冗余/100GbE网口 |
1 |
115000 |
115000 |
|
4 |
管理服务器 |
2颗Xeon 银4210 /128GB /Quadro P2000/ 1.92TB/2U机架式/千兆 |
1 |
34500 |
34500 |
|
5 |
计算交换机 |
MSN2010 4*100G/18*25G，2U机架式 |
1 |
45000 |
45000 |
|
6 |
管理交换机 |
24口千兆，1U机架式 |
1 |
2800 |
2800 |
|
7 |
KVM切换器 |
16口 VGA，1U机架式 |
1 |
1800 |
1800 |
|
8 |
机柜 |
42U,含PUD，托盘， |
3 |
5500 |
16500 |
|
9 |
集群系统 |
UltraLAB PSS作业调度管理软件(16节点） |
1 |
150000 |
150000 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
合计 |
|
￥6,921,600元 |
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参考资料：
AlphaFold2 https://github.com/deepmind/alphafold/
上海交大 AlphaFold再HPC平台的部署和优化
https://parafold.sjtu.edu.cn/docs/quick-start/
PombertLab/3DFI
https://github.com/PombertLab/3DFI
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