Alphafold2蛋白质结构预测AI工作站配置推荐23v1(3)

时间:2022-01-22   来源:   网友评论:0   人气: 806 作者:


2.2 AlphaFold训练集群配置参考23v1

cluster-diagram.png
 
集群技术特点
(1)本集群是由高频服务器、GPU计算服务器、管理服务器、并行存储服务器组成。
(2)集群硬件配置每个环节都基于人工智能预测蛋白质三维结构算法最快优化设计。
(3)【高频服务器】采用有限多核高频CPU、高速NVME SSD用于密集海量序列比计算,计算性能和io读写性能完美匹配高效,支持多个单核计算或2个以上并行版的比对软件同步计算。
(4)【GPU计算服务器】配备最新Xeon3代处理器,32核+8块RTX A6000 48GB,cpu频率和pcie 4.0 x16是蛋白质折叠人工智能并行计算最理想架构。
(5)作业调度软件针对蛋白质预测元计算两个主要环节:序列比对计算(CPU有限多核计算环节)、人工智能预测(GPU多卡并行计算环节),
序列比对计算环节--调用【高频服务器】处理,
蛋白质结构预测计算环节--调用多台【GPU服务器】并行计算。
(6) 集群性能从硬件架构、作业调度系统均比常规集群性能达到极致,全新改写的作业调度系统,比市面上的作业调度系统效率更高。


方案1 蛋白质智能预测集群方案(40块GPU卡

NO

型号

技术规格

数量

单价

小计

1

高频计算服务器

intel 13代高频处理器(共计24核,8@5.7GHz,16核@4.2GHz) /128GB DDR4/480GB/4U机架式(650w)/25GbE网口

1

29800

29800

2

GPU超算服务器

2Xeon 431432@3.5GHz/512GB/8A6000 /960GB/4U机架式(2000w  2+2冗余/25GbE网口

5

405000

2290000

3

并行存储服务器

2Xeon 4310(24@2.1GHz)/128GB /960GB /15.36TB U2 NVME /224TB并行存储(双通道)/4U机架式(1200w 1+1冗余/100GbE网口

1

115000

115000

4

管理服务器

2Xeon 4210 /128GB /RTX A2000/ 1.92TB/2U机架式/千兆

1

34500

34500

5

计算交换机

MSN2010 4*100G/18*25G2U机架式

1

45000

45000

6

管理交换机

24口千兆,1U机架式

1

2800

2800

7

KVM切换器

16 VGA1U机架式

1

1800

1800

8

机柜

42U

1

5500

5500

9

集群系统

UltraLAB PSS作业调度管理软件(5节点)

1

50000

50000

 

 

 

 

 

 

 

合计


2,309,400

 

方案2 蛋白质智能预测集群方案(80块GPU卡

NO

型号

技术规格

数量

单价

小计

1

高频计算服务器

2Xeon 金6342处理器48@3.1GHz,睿频3.5GHz) /512GB DDR4/480GB/4U机架式(650w)/ 25GbE网口

1

76000

76000

2

GPU超算服务器

2Xeon 431432@3.5GHz/512GB/8A6000 /960GB/4U机架式(2000w  2+2冗余/25GbE网口

10

405000

405000

3

并行存储服务器

2Xeon 4310(24@2.1GHz)/128GB /960GB /15.36TB U2 NVME /224TB并行存储(双通道)/4U机架式(1200w 1+1冗余/100GbE网口

1

115000

115000

4

管理服务器

2Xeon 4210 /128GB /RTX A2000/ 1.92TB/2U机架式/千兆

1

34500

34500

5

计算交换机

MSN2010 4*100G/18*25G2U机架式

1

45000

45000

6

管理交换机

24口千兆,1U机架式

1

2800

2800

7

KVM切换器

16 VGA1U机架式

1

1800

1800

8

机柜

42U

2

5500

11000

9

集群系统

UltraLAB PSS作业调度管理软件(10节点)

1

100000

100000

 

 

 

 

 

 

 

合计


4,436,100

 

方案3 蛋白质智能预测集群方案(128块GPU卡

 

型号

技术规格

数量

单价

小计

1

高频计算服务器

2Xeon 金6342处理器48@3.1GHz,睿频3.5GHz) /512GB DDR4/960GB/4U机架式(650w) /25GbE网口

1

76000

76000

2

GPU超算服务器

2Xeon 431432@3.5GHz/512GB/8A6000 /960GB/4U机架式(2000w  2+2冗余/25GbE网口

16

405000

6480000

3

并行存储服务器

2Xeon 4310(24@2.1GHz)/128GB /960GB /3.84TB U2 NVME /224TB并行存储(双通道)/4U机架式(1200w 1+1冗余/100GbE网口

1

115000

115000

4

管理服务器

2Xeon 4210 /128GB /Quadro P2000/ 1.92TB/2U机架式/千兆

1

34500

34500

5

计算交换机

MSN2010 4*100G/18*25G2U机架式

1

45000

45000

6

管理交换机

24口千兆,1U机架式

1

2800

2800

7

KVM切换器

16 VGA1U机架式

1

1800

1800

8

机柜

42U,PUD,托盘,

3

5500

16500

9

集群系统

UltraLAB PSS作业调度管理软件(16节点)

1

150000

150000

 

 

 

 

 

 

 

合计


¥6,921,600



参考资料:
AlphaFold2  https://github.com/deepmind/alphafold/

上海交大 AlphaFold再HPC平台的部署和优化
https://parafold.sjtu.edu.cn/docs/quick-start/  

PombertLab/3DFI
https://github.com/PombertLab/3DFI

 

上述所有配置,代表最新硬件架构,同时保证是最完美,最快,如有不符,可直接退货

欲咨询机器处理速度如何、技术咨询、索取详细技术方案,提供远程测试,请联系


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西安坤隆计算机科技有限公司
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