Materials Studio 5.0 LINUX 版小集群并行安装手记

时间:2010-04-11   来源:   网友评论:0   人气: 1928 作者:

MS 5.0 LINUX 版小集群并行安装手记
这几天重新配置了一下计算环境,顺便记录下来供同行参考,这次以安装MS5.0为例,实际上4.0,4.2,4.4的版本这几天我都配置过了,方法基本相同。
1.操作系统环境说明
客户端要求是Windows XP Professional - SP3或Vista (Business & Enterprise Editions) SP2,客户端只支持32位操作系统,也就是说装了64位的操作系统也无法用64位计算,只能运行在兼容32位模式下。
服务器端硬件现在一般是IA32或x86-64,后者较多,操作系统一般有windows、UNIX和LINUX。如果是用windows系列,可以用以下几种:
•Windows Server 2003, all editions - SP2 and R2
•Windows Server 2008, all editions - SP2
•Windows XP Professional - SP3
•Windows Vista (Business & Enterprise) - SP2
如果用UNIX系列(包含LINUX)可以用以下几种:
•x86 (32-bit)
Red Hat Enterprise Linux AS, ES, and WS - 4.7 and 4.8
SuSE™ Linux Enterprise Server 10 (SP1 and SP2)
•x86-64 (64-bit)
Red Hat Enterprise Linux AS, ES, and WS - 4.7 and 4.8
Red Hat Enterprise Linux - 5.3 and 5.4
Red Hat Enterprise Linux Desktop - 5.3 and 5.4
SuSE Linux Enterprise Server - 10 (SP1 and SP2) and 11
一般最小化安装就可以,不需要图形界面,但所有节点都要安装一些补丁,下面我以64位centos 4.8版为例,其他版本请参考README_Materials_Studio.htm中关于system_requirements_info部分:
glibc-2.3.4-2.43 (32-bit and 64-bit)
libgcc-3.4.6-11 (32-bit and 64-bit)
libstdc++-33-3.4.6-11 (32-bit and 64-bit)
compat-libstdc++-33-3.2.3-47.3 (32-bit)
hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64
这里要注意,除了HPMPI以外,其他都要同时安装32位和64位两种版本,HPMPI也要在所有参与计算的节点上安装。
2.SSH和RSH免认证设置,一般都是使用SSH免认证登录。
首先确认rsh-server包是否安装,方法参考Installing Materials Studio on a Linux cluster中的部分内容或网上搜索,很多教程:
HP-MPI使用rsh的话要保证各节点间可以免认证访问,这可以通过创建或修改/etc/hosts.equiv文件来实现,一般来说,hosts.equiv中要包含这样的内容:

localhost
节点1机器名
节点2机器名
……
节点n机器名
如果要使用SSH的话,首先要确认SSH服务是否安装,一般来说,SSH服务默认是安装的,测试方法如下:
ssh localhost
如果已经安装,你可以看提示符换行,并切换到当前用户的用户目录,如果没有出现这样的提示的话,就不能使用对称多处理器并行,需要检查SSH是否可用。
如果出现要求你输入密码的提示符,你就需要进行SSH免认证设置。当你第一次采用SSH登录时一般会看到以下提示:
The authenticity of host 'dewer2 (133.27.92.5)' can't be established.
RSA key fingerprint is cf:d6:77:c6:db:42:99:6f:11:07:f3:38:46:7b:f9:05.
Are you sure you want to continue connecting (yes/no)?
回答yes继续,片刻后,看到一个新的提示符.
配置SSH免认证登录的方法如下:
为当前安装MS网关的用户创建一个公钥对,方法如下:
$> ssh-keygen -t rsa
不要输入任何密码字符串,只回车两次就可以了。
产生的私钥放于~/.ssh目录下的id_rsa 和id_rsa.pub文件中,将id_rsa.pub文件另存为 authorized_keys2。
改变读写权限,保证目录~./ssh和里面的文件不被其他任何用户访问,否则无法实现免认证登录,操作方法如下:
切换路么到保存密钥之处
cd ~/.ssh
设置权限
chmod 600 *
设置目录访问权限
chmod 700 .
Materials Studio用户的主目录必须设为对其他用户只读权限,如果其他用户有写权限的话,SSH还要要求输入密码,操作过程如下:


 

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